Comienza la historia en Tiahuanaco, Bolivia, con Lara buscando un zócalo de piedra. Pero los hombres de James Rutland la encuentran y tiene que luchar contra ellos. Después de varios incidentes que casi la matan, llega a buscar el primer fragmento de una especie de espada mágica. Pero cuando es robado por James Rutland, éste le menciona que su amiga que dio por muerta en Paraíso, Perú, Amanda, sigue viva. Eso cambia el rumbo del viaje haciendo que vuelva a Paraíso a encontrarse con su amiga, Anaya; en ese momento se puede ver la intro en donde te explicarán los movimientos más eficaces que usa Lara para combatir, luego llegas a una puerta en la que se encuentra Anaya pero no tienen mucho tiempo de hablar ya que nuevamente los hombres armados de Rutland aparecen lo cual forzó a Lara a dejar a su amiga y quedarse a luchar , luego de matar a todos los enemigos, Zip le comenta a Lara que Anaya es perseguida por hombres armados y Lara se monta en una moto. Lara los sigue y logra rescatar a Anaya, luego llega a Paraiso donde recuerda su peor pesadilla, en esta parte del juego se retrocede unos años al momento de que creyó a su amiga Amanda, estaba muerta. En esta parte Lara se asegura de que la cuerda este bien sujeta bajando, la cuerda cae y consigo a la misma Lara croft, después de que Amanda fuese sepultada en piedras y demás amigos fuesen asesinados por una extraña criatura Lara tuvo que abandonarlos para no tener el mismo destino, lo cual enfurece a Amanda y con los años logra dominar al monstruo que se la llevó, pudiéndolo manejar a su antojo y más tarde usar en contra de la misma Lara Croft.